Teknik Araştırma ve Kalite Yönetimi Dairesi Başkanlığı

Demiryolları Daire Başkanlıkları

Emlak ve Kamulaştırma Dairesi Başkanlığı

Hava Meydanları Daire Başkanlıkları

Kentiçi Raylı Sistemler Daire Başkanlıkları

Kıyı Yapıları Daire Başkanlıkları

Yönetim Hizmetleri ve İletişim Dairesi Başkanlığı

Strateji Dairesi Başkanlığı

Kanal İstanbul Dairesi Başkanlığı